През XIV век османските турци завладяват редица значими български градове и крепости. След упорита съпротива в 1382 г. е превзет и гр. София. Скоро след това Перник и околността му също попадат в турски ръце.
Различни писмени документи дават сведения за живота на пернишкото население под чужда власт за периода XV–ХІХ век. Жителите на Перник губят правото на собственост върху земята си, която става притежание на турската държава. Те можели да обработват своите дворни места, зеленчуковите градини и лозя, които се намирали на един км разстояние около селото.основно перничани са занимават със земеделие и скотовъдство. Отглеждали пшеница, ечемик, овес, коноп, лозя, свине едър и дребен добитък, пчели. Добре развит бил и рудодобивът и производството на желязо. В тогавашното село Перник, към XV-XVІ век действали 8 воденици, разположени по течението на р. Струма. В Перник имало и мюсюлманско население, но преобладавали българите. Перник понася сериозни щети от австрийските войски по време на войната между Австрия и Турция(1683-1699). Въпреки помощта, оказана от местното население на австрийската армия, капитан Шекендорф и командваните от него части отмъкват 4000 глави дребен и едър добитък.
През XVІІ- XVІІІ век българите в Пернишко продължили да участват във военните конфликти на Османската империя на страната на нейните противници – Русия и Австрия.
Важни за епохата били поклонническите пътувания до големите манастири в България и на Св. Гора. В поменици от Рилския и Зографския манастир за записани имената на поклонници от Перник и други близки села. Посетителите правели парични дарения на манастирите, за което пък имената им били споменавани по време на богослуженията.
Значимо събитие за историята на Перник било изграждането на черквата „Св. Вмчк Георги Победоносец“ през 1843 г. През 1839 г. османската държава издава Гюлханския Хатишериф – документ, с който се гарантирали по-големи права на християнските поданици на империята. В следствие на това в много български селища, включително и в Перник, се построили нови храмове. В пернишката черква работили предимно самоковски майстори. Иконите от дърворезбования иконостас били рисувани през 1846 г. от прочутия художник Захари Зограф. Стенописите на храма са дело на Костадин Вальов и синовете му. Първият свещеник, служил в храма, е Стоил Гьорев от с. Долна Секирна. Наследил го синът му Георги Попстоилов(1837-1930). В двора на черквата действало килийно училище, което не се е запазило до днес.
Голямо значение за селището Перник е разработването на залежите от каменни въглища. Античният писател Теопомп съобщава, че р. Струма носела каменни въглища. Любопитни сведения се съдържат в един византийски ръкопис от XIII-XIV век. Там пише, че в Перник се намирали камъни, които при нагряване от слънцето се запалват и „се превръщат в горящи въглени“.
За пръв откривател на Пернишкия каменовъглен басейн се смята френският геолог Ами Буе. През 1836/7 г. той посетил Балканите с научна цел. През 1869 г. австрийският геолог Фердинанд фон Хохщетер имал за задача от Османаската държава да проучи терена във връзка с изграждането на жп линиите. Посетил и Пернишко като между селата Калкас и Църква забелязал излази на каменни въглища. При Мошино и Бучино също се установили пластове въглища. Първите „минни разработки“ в Мошино се отнасят към 1874/6 г. добитият материал бил превозван до София за турската войска. Работата била прекратена, когато започнала войната със Сърбия (1876). По време на Руско-турската война(1877-1878) въглищата се използвали за отопление щаба на ген. Дондуков-Корсаков в София.